Чотирнадцять років потому після Третього удару Сіндзі Ікарі прокидається у світі, який йому незнайомий. Час обійшов його стороною, але Земля перетворилася на руїни, NERV зруйнований, а ті, кого він вважав друзями, тепер дивляться на нього з ненавистю. У пошуках відповідей він зустрічає загадкового Каору Нагісу, який обіцяє йому надію і розуміння. Однак боротьба з ангелами ще не закінчена — і цього разу ворогами можуть стати не тільки вони, а й колишні союзники. Кожна битва наближає світ до неминучого фіналу, де вибір Сіндзі може визначити долю людства.