Після закінчення чергової світової війни наука зробила неймовірні кроки — тепер кожна людина може продовжувати своє життя за допомогою кібернетичних частин тіла. Усі жителі планети пов'язані в загальну мережу під назвою Примари, і широко поширилися кібератаки на окремих людей з метою крадіжки їхньої пам'яті і тіл. Після вбивства прем'єр-міністра Японії майор Мотоко Кусанагі та її Дев'ятий відділ виходять на слід кіберзлочинців.