Шідо Іцука стикається з іще більшою небезпекою через свою постійну співпрацю з «Рататоск». Він уже запечатав 10 духів, і Айзек Весткотт, лідер Deus Ex Machina Industries, нарешті вирішив убити Шідо і заволодіти силами духів.
Щоб досягти своєї мети, Айзек оголошує повномасштабну війну проти «Рататоск», змушуючи організацію виснажувати свої ресурси, щоб забезпечити виживання Шідо. Попри те, що вони значно поступаються в чисельності та силі, проблиск надії існує у формі Духа Часу, Курумі Токісакі. Шідо повинен запечатати і отримати силу Курумі, щоб відправитися в минуле і протистояти Духу Походження – каталізатору, який почав усе це.