Батько Сосуке – моряк, мати – соціальний працівник, а сам він – маленький хлопчик з будинку на скелі. Одного ранку він знаходить у морі дивовижну рибку: у неї людське обличчя і червоні плавники. Опинившись за межами моря, вона дуже полюбила шинку і свого рятівника. Сосуке називає свою знахідку «Поньо» і вирішує берегти та захищати. Звідки йому знати, що він виловив дочку морської володарки і тим прирік себе на дивовижні пригоди в найближчому майбутньому?..