3394 рік. Сонячна система давно знищена інопланетною расою ґауна. Люди насилу підтримують популяцію на спеціальних космічних кораблях, які замінили їм дім. Корабель «Сідонія», на борту якого живуть 500 000 землян, вже багато років дрейфує в космосі, поки не стикається з безпощадним і могутнім ворогом.