Події серіалу розгортаються через два місяці після того, що сталося на підводному човні «Туата Де Дананн» наприкінці першого сезону. «Міфріл» дізнається про секретну організацію, яка володіє технологією, здатною зламати ECS (систему електронних замків). Ця організація, відома як Амальгама, також володіє певною «темною технологією», отриманою від «віспера», такого ж, як Канаме Тідорі, і, як і інші секретні служби, не хоче зупинятися на досягнутому... Коли місію Сосуке із захисту Тідорі відкликано «Міфрілом», все необхідне для плану Амальгами розставлено на місця...