Мережа для гри в «Дуельних монстрів» під назвою Link Vrains стрімко набула популярності. Багато років тому хакерська організація «Лицарі Ханоя» здійснила атаку на Link Vrains, щоб знищити програму штучного інтелекту Cyberse. Однак план провалився, його творці залягли на дно, а Cyberse був захований десь в надрах мережі. Через 5 років старшокласник Юсаку Фудзікі під час дуелі в Link Vrains стикається з дивною програмою штучного інтелекту.