Минуло два роки з останніх подій. Шляхи Йородзуї розійшлися: Ґінтокі досліджує Альтану, Каґура по всьому космосу шукає спосіб повернути Садахару до попереднього стану, а Шінпачі намагається зберегти те небагато, що залишилося від їхнього спільного дому. Але хмари згущуються, залишки Тендошу, завдяки банановій атаці Горили, падають на Центральний термінал і збираються знову використати Альтану у своїх цілях. Настав час друзям востаннє стати на захист Едо, щоб виконати бажання Шьойо Йошіди і заодно врятувати своє майбутнє.