Історія починається з того, як хлопчик на ім'я Такуя отримує на свій телефон загадкове повідомлення. Прочитавши його, хлопчина відправляється на станцію, вказану в тексті. Прибувши на місце, Такуя потрапляє в дуже дивне місце, де повно дітей і поїздів. Сівши на один з них, хлопчик, разом з ще чотирма людьми, відправляється в Цифровий світ, який їм належить врятувати. По дорозі вони повинні будуть знайти духів, за допомогою яких друзі зможуть перетворюватися в легендарних дигімонів. Однак вороги вже знають про те, що вони прибули і найголовніший з них — Керубімон — готовий піти на все, лише б не дозволити їм знайти духів.