З моменту першої поразки Загарбників минуло тридцять два роки. A.E.G.I.S. вже практично розформована і перетворилася на підпільну організацію, в якій залишилося лише кілька Хранителів Брам, покликаних врятувати людство. Одна з членів організації, Аяне Ісудзу, втомилася від суспільства в цілому, хоча і продовжує перемагати Загарбників зі злості на свого батька. Несподівано вона дізнається про відродження Генерала Машин (Кікай Сьогун) і Графа Диявола (Акума Хакусяку), але тепер їх супроводжує таємнича дівчина-привид. Аяне і залишкам A.E.G.I.S належить зупинити їх і знову врятувати людство.