Одного разу людство опинилося на межі загибелі через злого вченого Докора Хелла і його підпільної імперії. Кодзі Кабуто, його суперробот Мадзінґер Зед і їхні друзі з лабораторії фотонної енергії поклали край руйнівним амбіціям Доктора і повернули людству мир.
Минуло 10 років. Кодзі пішов стопами свого батька і дідуся і став ученим. В процесі роботи він стикається з невідомою досі формою життя, похованою глибоко під горою Фудзі. Нова зустріч, нова загроза і нова доля чекають на людство, майбутнє якого знову довірено Мадзінґеру Зеду.