2062 рік. У світі триває війна. Дві наддержави ведуть кровопролитні битви за контроль над космічним ліфтом. Одна зі сторін вирішує скористатися просторово-часовою вібруючою бомбою — найруйнівнішою зброєю, створеною людиною, — сподіваючись, що це покладе край війні. Під час проведення операції Кеї Кацурагі, один із пілотів, відправлених на це завдання, вирішує розмінувати бомбу, але зазнає невдачі, в результаті чого відбувається вибух, який призводить до колосальних змін Землі. Кеї, який опинився в самому епіцентрі вибуху, якимось чином переноситься на 20 років у майбутнє нової Землі.