Минуло три роки з тих пір, як «обрані» врятували цифровий світ від зла. Діти подорослішали, а те, що колись відбувалося, забулося. Тепер, новому поколінню «обраних» належить знову стати героями, адже в світі дигімонів з'явився новий ворог — Імператор Дигімонів, який не тільки принижує дигімонів, але і використовує їх у своїх темних намірах. Для виконання цієї мети були обрані три нових дитини — Дайсуке Мотомія, Іорі Хіда і Міяко Іноуе. Отримавши свої дигівайси і власних дигімонів, хлопці відправляються в нову пригоду.