Третій сезон заглиблюється в минуле Нацуме і те, як він зустрів своїх нових прийомних батьків. До того ж, йому доведеться впоратися з набагато більш могутніми йокаями, ніж раніше. Він проводить більше часу зі своїми людськими друзями, зміцнюючи дружні узи. Поступово йому стає ясно, що йому в рівній мірі важливі і люди, і йокаї. Може бути, йому не доведеться вибирати між світом людей і світом духів? Може, і його здатність бачити йокаїв - не таке вже й прокляття?