Новий сезон продовжує розповідати про Нацуме Такасі, хлопчика, який з народження може бачити йокаїв, і його йокає-охоронця, Мадару, на прізвисько Нянко-сенсей. Нацуме намагається повернути йокаям імена, записані в "Зошит дружби" його бабусі. Він зустрічає різних йокаїв. Одні ставляться до нього доброзичливо, інші хочуть вкрасти Зошит, а треті намагаються його вбити. Спілкуючись з ними, Нацуме починає краще розуміти себе і ці таємничі створіння.