Іде 2203 рік. Давню планету Водолій, чиї води, вилившись на Землю, дозволили зародитися на ній життю, зірвано зі своєї орбіти жахливою Імперією Дінгуїл. Вона використала могутні технології, щоб направити Водолія до Землі та влаштувати новий потоп, який змиє людство раз і назавжди. Кодай гостро переживає свою першу в житті поразку від рук цього супротивника та залишає посаду капітана Ямато, втративши бойовий дух. Але на його місце приходить новий несподіваний герой, який поведе Ямато в останню, найвеличнішу подорож.