У 2207 році, через два роки після зникнення Гаміласа та Іскандара, з'являється колосальний об'єкт "Великий переворот", який без особливих зусиль долає оборону Землі. Полчища військ і багатоногих танків стрімко захоплюють столицю Землі. Серед хаосу старий екіпаж "Ямато" отримує секретний наказ і вирушає в подорож не баченими досі вимірами, в той час як доля людства висить на волосині.